德国VAT低申报会被查出来。德国税务部门对增值税（VAT）的申报和缴纳有严格的审查机制，如果发现低申报或者虚假申报的情况，不仅会要求补缴税款，还可能处以罚款甚至追究法律责任。以下是具体分析：

税务审查机制

欧盟内部信息共享：欧盟国家之间有广泛的信息共享系统，海关和税务机关可以互相查看在各成员国之间的进出口记录和税务申报情况。

数据平台核查：如Amazon和eBay等电商平台的销售数据经常被税务机关用于比对和核查企业的VAT申报情况，如果发现数据不一致，将引发税务审计。

风险触发因素

低申报记录：一旦企业有过低申报的记录，将会成为税务局的重点监控对象，在未来的税务审查中被更为严格地核查。

货物抽查概率：根据统计，因为货物“低申报”而被严查的概率比其他同类型货物高出300%，即低申报的货物被抽查的可能性是其他货物的三倍。

后果处理措施

补税与罚金：如果被查到低申报，企业将被要求补缴所有未付的税款，并且可能面临罚款和滞纳金的额外负担。

货物处理：在一些情况下，如果无法提供合理的低申报理由及证明，货物可能会被没收或需要重新申报，并由货主承担相应的费用。

跨国销售追溯

销售链条审查：德国及其他欧盟国家对跨国销售的VAT申报也有严格的追溯机制，税务部门可以追踪企业过往六年的清关和销售记录，并要求提供相关证明文件。

跨部门联合稽查：德国税务局会与电商平台合作，联合稽查税务申报情况，确保所有销售行为都依法纳税。

防范合规建议

合法申报：为避免不必要的法律风险，建议企业如实申报所有销售额和应缴税款，不应抱有侥幸心理进行低申报。

专业咨询：在面对复杂的税务申报问题时，建议寻求专业的税务咨询机构协助，确保所有操作符合当地税法规定。

综上所述，德国税务部门通过多种手段和机制来确保VAT的合规申报，低申报行为很容易被查出，并带来严重的法律和经济后果。企业应高度重视税务合规，确保在申报和缴税过程中保持透明和诚信，以避免不必要的麻烦和损失。